אתגרים באבחון מחלות זיהומיות במעבדה המיקרוביולוגית

סיכום שיעור 9

הדס טליו

הדס טליו

פרטי הסיכום

קורס: אתגרים באבחון מחלות זיהומיות במעבדה המיקרוביולוגית

מספר השיעור: 9

סיכום השיעור

שיטה  המולקולרית לאבחון :

דרך ההפקה – ידנית, אוטומטית שימוש בקולונות או חרוזים מגנטיים

שיטת ההגברה – PCR

שיטת הדידיקציה – הרצת ג’ל, הרצת קפילארות, RT PCR סימון פלורוסנטי

יתרונות האבחון המולקולארי: רגישות, ספציפיות, מהירות, זמן עבודת אדם קצר יחסית,

חסרונות האבחון המולקולארי: מחיר גבוה.

מתי נשתמש בשיטות מולקולאריות: כשהמהירות חשובה לצרכים קליניים, כשהמהירות חשובה לצרכים אפידמיולוגיים, שיקולי עלות חשובים פחות, כשהמיקרוביולוגיה הקלאסית לא נותנת מענה.

מה היא שיטת ה PCR ?

שיטה להגברת מקטעי DNA.  לצורך כך יש לדעת את רצף הקצוות של האזור אותו מעוניינים להגביר. שיטה זו מתבצעת במבחנהin vitro  ומשתמשת ב- thermo-stable

DNA polymeras

על מנת לסנתז מקטעי  DNA רצויים בכמות גדולה

תהליך ה PCR  – שכפול ה DNA במבחנה ממולקולה בודדת של DNA למיליוני עותקים תוך זמן קצר

אפשר לשכפל רק את הקטע הרצוי מתוך כל ה-DNA של התא.

המרכיבים במבחנה:

קטע ה DNA אותו מעוניינים לשכפל.

DNA פולימראז – אנזים שהופק מחיידקים החיים במעיינות חמים. אינו עובר דנטורציה בחום גבוה, הטמפ’ האופטימאלית לפעילותו 65oC.

4 הנוקלאוטידים A ,T ,G ,C.

תחלים. תחל-מולקולה חד גדילית קצרה של DNA המשמשת כאתר לתחילת שכפול.

רצף הגדילים בתחל משלים  לרצף שבתחילת הגדיל המיועד לשכפול

שלבי ה PCR :

הפרדת שני הגדילים של הDNA ב 95oC-מנתק את הקשרים בין הגדילים.

קישור התחלים -מקררים ל -45oCהתחלים נצמדים לרצפים המשלימים .

הארכה – מחממים ל 65oC –ה DNA פולימראז יוצר גדיל DNA חדש בהמשך לכל אחד מהתחלים. נוצרות 2 מולקולות DNA .

חוזרים על התהליך שוב ושוב ,כ 25 מחזורי שכפול, שכל אחד נמשך דקות.

התהליך מבוצע במכשיר מיוחד שבו הטמפ’ משתנה, במהירות ובזמנים שנקבעים מראש.

מה היא שיטת ה RT-PCR ?

תגובת שרשרת הפולימראז (PCR) היא תהליך להגברה של שברי DNA ספציפיים.

PCR בזמן אמת טכניקה מיוחדת המאפשרת לדמיין תגובת PCR “בזמן אמת” עם התקדמות התגובה. כפי שנראה, PCR בזמן אמת מאפשר לנו למדוד כמויות זעירות של רצפי DNA במדגם!

שימוש ה RT-PCR :

PCR בזמן אמת הפך לאבן יסוד בביולוגיה המולקולרית: ניתוח ביטוי גנים, מחקר הסרטן, מחקר סמים, אבחון וניהול מחלות, כימות נגיפי, בדיקות מזון, אחוז מזון GMO, גידול בעלי חיים וצמחים, מספר העתק גנטי.

Gene Xpert  : מערכת אבחון מהירה מבוססת  ,PCR פוטנציאל לשיפור תוצאות המטופלים ולהפחתת עלויות, זמן מהיר יותר להסתובב, פרוטוקולי בידוד יעילים יותר, פחות אמצעי זהירות, הקרנה טרום ניתוחית, ניהול שיפור באנטיביוטיקה, לעיתים בעלות נמוכה יותר, ניהול מיטות יעיל יותר.

מבדיל בין FluA, FluB ו- RSV, זיהוי MTB עם זיהוי rifampin-R ,N gonorrhorea, Chlamydia, Trichomonas ,הקרנת GBS וספסיס ילודים, סינון ובדיקה של MRSA ,יומיים מהירים יותר מ- Chromagar או ממיקרו מסורתי ,בדיקת C diff ,אלח דם- MSSA, MRSA, CoNS ,זיהוי CRE מהיר

מכשיר ג’ין אקספרט. בקסטה אחת מכיל את כל ריאגנטי PCR כולל הפקת DNA. מכניסים את הדגימה וזה עושה את העבודה תוך שעתיים.

עושה זיהוי לפאנל של דברים. החסרון- לפתוגנים ספציפיים ידועים מראש.

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X