ביוטכנולוגיה

סיכום שיעור 9

Shuli

Shuli

פרטי הסיכום

קורס: ביוטכנולוגיה

מספר השיעור: 9

סיכום השיעור

סיכום שיעור מספר 9 בביוטכנולוגיה

מאת: שולמית איזמן 039857040

קריסטלוגרפיה:

הסתכלות על מבנים תלת ממדיים של מולקולות, חלבונים ומבנים כימיים.

בעזרת קרני X מקרינים את הקריסטל, הקרניים נשברות ומסובבים את הקריסטל מול הקרן והזוויות של שבירת הקרן נאספות ומפורשות במחשב. ככל שהקרן יותר חזקה נוכל לחשוף את הקריסטל לפחות זמן הקרנה זה גם נותן תשובה מהירה וגם פחות הורס את החלבון.

שימושים:

אם רוצים לראות אזור של דימריזציה לדוגמה של CKIT . במצב של דימריזציה הקינאז משדר לתא להתחלק. מוטציה באזור הדימריזציה יכולה לגרום לחלוקת תא לא מבוקרת. בעזרת הקריסטלוגרפיה אפשר למצוא מולקולה שתפריע לדימריזציה וזה ירפא את הסרטן. יש כמה תרופות מעכבות טירוזין קינאז.

שלבי הקריסטלוגרפיה:

  1. מביאים חלבון למצב שהוא נקי בצורה אבסולוטית. חלבון ללא קישורים וללא מודיפיקציות. אם יש לחלבון שיירים חיצוניים כמו פוספטים צריך שכל החלבונים מאותו סוג יהיו ללא שיירים או לחילופין עם אותם שיריים בדיוק ובתנאים טובים.
  2. גידול הקריסטל- חלבון בתוך תמיסות שונות עם הרכב שונה וריכוזים שונים, משחקים עם התמיסות עד שלאט לאט מוציאים החוצה את כל מולקולות המים ובצורה כזאת גורמים לחלבון בתוך התמיסות להיות לא מסיס ולהתגבש נכון מבחינת אוריינטציה.
  3. הקרנה בקרן X מקרינים את הקריסטל ואוספים מידע מהשבירה של הקרניים. המידע מועבר לתוכנות שממירות את המידע לענני אלקטרונים סביב ח.אמינו ולפי זה למקם את ח.האמינו במרחב.
  4. תוצאה- מבנה החלבון.

לצורך הבנת המבנה של חלבון מסוים צריך לייצר אותו בכמויות גדולות. לכן מגבירים את רצף החלבון בPCR מחדירים את המקטעים לפלסמיד ומחדירים לחיידקי אי קולי על מצע סלקטיבי. מבודדים חיידקים שקיבלו את הפלסמיד וביטאו אותו ומרצפים לראות שזנ מבוטא נכון. אחר כך מגדלים את החיידקים בכמויות גדולות מפוצצים את החיידקים וממצים את החלבונים מהחיידקים ועכשיו צריך לנקות אותם כי הם נמצאים יחד עם חלבוני החיידק. (חסרון- החלבון ההומאני עובר מודיפיקציות חידקיות).

ניקוי חלבונים:

ניתן לנקות ולהפריד חלבונים על ידי מספר שיטות המבוססות על גודל, מטען, אפיניות, תכונות.

  1. הפרדה על ידי אפיניות-קישור:

מוסיפים TAG שתופס את החלבון הרצוי בקולונה ומפריד אותו משאר החלבונים.

דוגמה: על ידי HIS-TAG שנקשר למתכת בקולונה, בידים מצופים בחומר שיתפוס את החלבון שלנו כמו נוגדנים כנגד רצף מסוים בחלבון.

  1. הפרדה על בסיס גדול: בקולונה יש בידים עם חורים בגדלים שונים. החלבונים הגדולים יוצאים ראשונים הם לא מתעכבים בחורים והחלבונים הקטנים נתקעים ומסתבכים בחורים ויוצאים אחרונים. בכל פעם מתקבלת פרקציה שונה של חלבונים לפי הגדול שלהם.
  2. הפרדה על בסיס מטען– ION EXCHANGE- בקולונה יש בידים מג’ל עם מטען מסוים ומשחקים עם המטען על ידי הזרמת בופר בגרדיאנט משתנה. תחילה כל הבידים תפוסים אך עם הזרמת החלבונים הם יתחרו על הקישור לבידים על סמך המטען שלהם. על מנת לשחרר אותם מזרימים בופר עם מטען משתנה שמתחרה עם החלבונים על הקישור וכך כל פרקציה מקבלים חלבונים שונים.

אחרי שלב ההפרדה והניקיון מגיע שלב הקריסטלוגרפיה. הקריסטלים יכולים להיות שונים בצורתם אבל המבנה השלישוני של החלבון לא משתנה.

 

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X