ביוטכנולוגיה

סיכום שיעור 14

chenda

chenda

פרטי הסיכום

קורס: ביוטכנולוגיה

מספר השיעור: 14

סיכום השיעור

המשך שיטות לאנליזה של רנ”א/ דנ”א

FISH– כשדנ”א דו גדילי נפתח לשני גדילים ומשלימים עם רצף מסומן פלורוסנטית. לא ניתן לדעת את הרצף המדויק או רמות ביטוי, אלא רק אם הייתה היברידיזציה.

שחבור אלטרנטיבי- מספר הגנים באדם הוא קטן אבל בעזרת שחבור של קומבינציות שונות של אקסונים אפשר ליצור מגן אחד הרבה חלבונים.

PCR– השיטה הבסיסית שניתן לבצע על כמויות קטנות או על התא עצמו  שיטה מהירה ופשוטה. החסרונות הם- צריך לדעת את רצף גבולות המקטע המוגבר, אורך התוצר מוגבל ותלוי האנזים שנבחר, או טעויות בהכפלה וקבלת מוטציות. הפרדת התוצרים ע”י ג’ל אלקטרופורזה.

Real time PCR – כמו השיטה הרגילה, רק שבכל מחזור של PCR בודקים את רמות התוצר עצתי הצמדת סמן פלורוסנטי. כאשר התוצאות הן יחסיות. 

 חזרה בשיעור על השיטות: Digital Drop PCR, microarray, Deep sequencing

ריצוף בשיטת סנגר– סימון כל נוקלאוטיד בסמן פלורוסנטי אחר.  עוצרים את הPCR כל פעם בזמן אחר מריצים את התוצרים על ג’ל ומקבלים הפרדה על פי הגדלים. מרצפים ומקבלים את הרצף השלם של הגן.

ILLUMINA– בשיטה זאת ניתן לרצף דנ”א גנומי, small RNA, mRNA. עקרון השיטה כמו שהסברנו בNGS.

Ion torrent– הנוקלאוטידים לא מסומנים אבל בכל פעם שנוסיף נוקלאוטיד יש קריאה באמצעות פעימה חשמלית. שיטה נוספת שעובדת על עקרון של פעימה חשמלית היא NANOPORE.

ריצוף רנ”א של תא בודד: הכנה של תאים בודדים על ידי שיטות מכניות, אנזימטיות, ביחד עם טכנולוגית העשרה (FACS). בידוד של תאים על ידי מיקרופלואידיקה והכנה של ספריה. ריצוף ופיענוח.

Drop-seq Bead עצמי מגנט להכנת ספריה של תא בודד, המכיל פריימרים של RT-PCR, ברקוד של תא ספציפי ו- UMI (Unique Molecular Identifier) שונה על כל פרימר, כך שזה ימנע קריאה של רצף כפול,  וזנב- Poly-T.

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X