ביוטכנולוגיה

סיכום שיעור 12

שרון נוי לוטן

שרון נוי לוטן

פרטי הסיכום

קורס: ביוטכנולוגיה

מספר השיעור: 12

סיכום השיעור

ביוטכנולוגיה – סיכום שיעור 12:

טכנולוגיה חדשה – אנליזת ביטוי וריצוף מרחבי שתאפשר אנליזות ברקמה ברמת התא הבודד. עדיין לא יצא לשוק, אבל נשמע מבטיח מאד.

ננוסטרינג – מכשיר שמאפשר מדידת רמות ביטוי באמצעות פרובים שמסומנים בקומבינציה ספציפית של שבעה חומרים פלורסנטיים. מאפשר מדידות גם של דנ”א ושל חלבון על אותה דגימה, מה שמאפשר ל”חסוך” ברקמת חולה יקרה.

באנליזת ננוסטרינג של RNA, בעצם כל מולקולת רנא (בעצם cDNA) מסומנת ע”י פרוב ספציפי. לכן הקריאה אח”כ היא כמותית מדוייקת – נותנת את מספר המולקולות המסומנות ע”י כל פרוב. היתרון העיקרי של השיטה – אין כאן שום שלב של הגברה ע”י PCR, ובעצם מקבלים מס’ מולקולות מדוייק.

השלב הבא – 3D biology chemistry – מכיוון שקומבינציה פלורסנטית של שבעה צבעים מאפשרת קריאה של כ- 880 קומבינציות. כדי לאפשר מס’ גדול יותר של אפשרויות קריאה, ניתן להחליף את הסמנים הפלורסנטיים בסמנים שמורכבים מנוקלאוטידים. בעצם משתמשים בברקודים שמורכבים מרצף נוקלאוטידים, ואז מבחינת קומבינציות אפשריות, יש אינסוף.. את הדגימה שהוכנה ע”י ננוסטרינג, מעבירים לקריאת ריצוף ב- sequncer של אילומינה, שמאפשר לקרוא את רצפי הברקודים וכך לתת פלט של כמות המולקולות המסומנות מכל ברקוד.

NGS:

יש 4 אפליקציות עיקריות:\

  1. WGS – ריצוף של גנום מלא. קיימים קיטים שונים להכנת הספריות, כתלות בכמות הדנ”א ההתחלתי שיש לנו (הרבה דנא – אפשר להכין ספרייה בקיט שבו אין שימוש ב-PCR, מעט דנ”א – חייבים להשתמש ב-PCR בתהליך הכנת הספרייה).
  2. WES – ריצוף רק של האיזורים המקודדים.
  3. RNA seq – מאפשר לרצף ולכמת את הטרנסקריפטים בדגימה (mRNA). כשמכינים דגימה ל-RNA seq חשוב מאד לנקות מדגימת ה- total RNA את ה-rRNA על מנת שלא ימסך על החלק “החשוב” שהוא ה-mRNA.
  4. Methylation-seq – לצורך אנליזת מתילציות בדנא.

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X