ביוטכנולוגיה

סיכום שיעור 12

SvetlanaFuranov

SvetlanaFuranov

פרטי הסיכום

קורס: ביוטכנולוגיה

מספר השיעור: 12

סיכום השיעור

סיכום 25.03

בשיעור למדנו על טכנולוגיות של ריצוף עמוק – next generation sequencing (NGS). ריצוף ברמת התא הבודד בוחן את רצף הנוקלאוטידים מתאים בודדים תוך שימוש בטכנולוגיות ריצוף הדור הבא ( NGS, Next Generation Sequencing), טכנולוגיות המאפשרות הבחנה בדקויות ההבדלים בין תאים בודדים שונים בתוך רקמה ולאפיין תתי אוכלוסיות פונקציונליות של תאים המאפשרת הבנה טובה יותר של התפקוד של תא בודד בהקשר של מיקרו-סביבה שלה.

שיטות NGS (ריצוף הדור הבא) משמשות לריצוף ברמת התא הבודד ומורכבות מהשלבים הבאים:

 

  • שבירת הרקמה הביולוגית לתאים בודדים
  • שבירת התא ומיצוי החומר הביולוגי (דנ”א או רנ”א לפי הצורך).
  • הכנת ספרייה – הכנסת מקטעים ברצפים ידועים לצורך זיהוי
  • הגברה באמצעות PCR.
  • ריצוף
  • ניתוח ביואינפורמטי של התוצאות.

בדוגמה דיברנו על טכנולוגית Illumina. שיטה זו מבוססת על שימוש בצבעים הפיכים אשר מאפשרים את הזיהוי של בסיסים בודדים בעת שהם מצורפים לרצף ה-DNA. ארבעה סוגים של בסיסים מוספים (אדנין, טימין, ציטוזין וגואנין), כאשר כל אחד צבוע פלואורסצנטי בצבע אחר ומחובר לקבוצה חוסמת החוסמת את הצבע. ארבעת סוגי הבסיסים מתחרים על אזורי הקישור בתבנית ה-DNA לטובת הריצוף ומולקולות שלא נקשרו נשטפות. אחרי כל סינתזה, מסירים באמצעות לייזר את הקבוצה החוסמת בקצה ה-3′. התהליך חוזר על עצמו עד אשר כל מולקולת ה-DNA מרוצפת, בין כל הוספה של נוקלאוטידים יש צורך בשטיפות.

לטכניקה זו מספר יתרונות על פני שיטות ריצוף מסורתיות כגון ריצוף סנגר. בזכות אוטומטיות התהליך, ניתן לרצף מספר גדילים יחד ולקבל את המידע במהירות. בנוסף, שיטה זו זקוקה רק לדנ”א פולימראז בניגוד למס’ האנזימים היקרים הנדרשים בשיטות אחרות.

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X