ביוטכנולוגיה

סיכום שיעור 13

שרון נוי לוטן

שרון נוי לוטן

פרטי הסיכום

קורס: ביוטכנולוגיה

מספר השיעור: 13

סיכום השיעור

ביוטכנולוגיה – סיכום שיעור 13:

Geomx digital spatial profiler  – טכנולוגיה חדשה המאפשרת אנליזה של רקמה כולל אנליזת חלבונים, אנליזת ביטוי רנא ואנליזת דנא בו”ז. הבסיס לאנליזה הוא שימוש בנוגדנים (כרגע – 80 נוגדנים, אבל בהמשך אפשר להשתמש בכמות בלתי מוגבלת של נוגדנים) שמסומנים ע”י ברקודי DNA במקום נוגדנים פלורסנטים. זה מאפשר לקרוא output מאד גדול של מולקולות, כי אין את מגבלת הפלורסנציה ואפשר להשתמש במיליוני ברקודים שונים. כל ברקוד מייצג בעצם מולקולה ספציפית, והברקודים ייקראו אח”כ ע”י מכשיר ריצוף של אילומינה.

Spatial transcriptomics-10x genomics – יאפשר לעשות אנליזת ביטוי חלבון ואנליזת ביטוי וריצוף רנא ברקמה במרחב.

אנליזות single cell:

גם לאנליזות ברמת התא הבודד יש אפליקציות רבות: אפשר להסתכל על רמות ביטוי של mRNA, אפשר לרצף DNA, אפשר לעשות אנליזות של ביטוי חלבונים (על פני ממברנת התא (CITE-seq) וגם חלבונים תוך-תאיים), אפשר לעשות אנליזות של DNA כמו ATAC-seq שבודק chromatin accesability או אנליזת מתילציה ועוד..

כדי לעשות scRNA-seq – לוקחים רקמה וצריך ל”שבור” אותה כדי לקבל תאים בודדים. צריך שהתהליך הזה יהיה מהיר על מנת להימנע משינוי בפרופיל הביטוי הגני שייצור הטייה בתוצאות.

Bulk RNA-seq נותן בעצם ממוצע של רמות הביטוי בין התאים השונים המצויים ברקמה. אנליזה ברמת התא הבודד תהיה יותר מדויקת בגלל סיבה זו. אנליזת תא בודד מאפשרת לזהות תהליכים ואלמנטים שאי אפשר לראות בשיטות אחרות בגלל בעיית המיצוע. זה מאפשר למשל לזהות תת-אוכלוסיות נדירות, או לזהות מסלולים ביולוגיים או מולקולות חדשות.

השיטה הנפוצה ביותר – 10xgenomics. בשיטה עושים שימוש במיקרופלואידיקה על מנת להפריד את התאים הבודדים לתוך בועיות שומניות שגם מכילות בידים (gel beads) מסומנים בברקודים ייחודיים, וכן אלמנטים נוספים (כמו אנזימים) שמטרתם לפרק את התא על מנת לשחרר את מולקולות ה-mRNA.

 

 

 

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X