וירולוגיה קלינית

סיכום שיעור 9

Maya Touati Garbi

Maya Touati Garbi

פרטי הסיכום

קורס: וירולוגיה קלינית

מספר השיעור: 9

סיכום השיעור

מגפת הקורונה היא מגפה עולמית מתמשכת של מחלת נגיף קורונה 2019 COVID-19 הנגיף, מזן SARS-CoV-2 – שעל פי הערכות עבר מבעלי חיים נגועים לאדם (זואונוסיס) – גרם להדבקתם (המאומתת) של יותר ממאה מיליון בני אדם, ולמותם של יותר משני מיליון. המגפה פרצה לראשונה בדצמבר 2019 בעיר ווהאן שבסין, ובאמצע פברואר 2020 החלה להתפשט במהירות בכל רחבי העולם ועוררה בהלה, מלוּוה במשבר כלכלי משמעותי. מדינות ברחבי העולם הגיבו למגפה באמצעות הנחיות לשמור על ריחוק חברתי, הטלת מגבלות על תנועה והתקהלויות, הטלת סגרים ועוצרים, ביטול אירועים וסגירת כלל המוסדות הלא חיוניים. כמו כן בוצעו מאמצים ממוקדים לאתר חולים ונשאים ולבודדם, למגן את צוותי הרפואה, ולהגדיל באופן מהיר את קיבולת בתי החולים, כולל בניית מסגרות אשפוז מיוחדות לחולי קורונה. במהלך המגפה היה פרק זמן שבו שליש מהאנושות – כ-2.6 מיליארד בני אדם – נדרשו להישאר בבתים בתנאי סגר. בסוף שנת 2020 הוחל בחיסון המוני נגד הנגיף.
הנגיף עובר מאדם לאדם באמצעות נתז נשימתי וכן אירוסולים המרחפים באוויר, המועברים דרך שיעול, התעטשות, הפרשות גוף, נשימה, או מגע. תקופת הדגירה היא בדרך כלל חמישה ימים, אך עשויה להיות בין יומיים לארבעה עשר יום. במהלך תקופה זו הנשא יכול להדביק אחרים. דווח גם על מקרה של פיתוח תסמינים לאחר זמן של 27 יום. התסמינים הם לרוב חום, שיעול וקוצר נשימה. דווח גם על תסמינים אחרים, ייחודיים יותר למחלה לעומת שפעת, ובהם אובדן זמני של חוש הטעם וחוש הריח וכן שטפי דם באצבעות. סיבוכים עלולים לכלול דלקת ריאות, הצטברות קרישי דם ואי-ספיקת כליות. הטיפול בחולים מתמקד בהקלת התסמינים ובטיפול תומך. אמצעי הגנה כוללים שמירה על היגיינה אישית, שמירת מרחק מאנשים אחרים, ובידוד עצמי של 14 ימים לאנשים שהיו בקרבת חולים. שיעור התמותה המדויק אינו ברור ומוערך בכ-2 אחוזים. לפי ההערכות, מספר ההתרבות הבסיסי (מספר שמתאר כמה אנשים עלולים להידבק מאדם חולה אחד) עומד על 2.2. הערכה אחרת מדברת על בין 1.4 ל-3.9. עשוי להיות גבוה יותר במקומות צפופים. אחד הקשיים הגדולים בהתמודדות עם הנגיף הוא שנשאי־הנגיף אינם מפתחים תסמינים בימים הראשונים, ובשל כך הם ממשיכים לדבק. התסמינים מופיעים עד 14 יום. דגימה של נשא לא בהכרח תביא לתשובה חיובית, מחמת שייתכן שבשלבי הדבקה ראשוניים כמות הנגיף בגוף נמוכה ביותר ותקשה על זיהויו, גם ייתכן שהנגיף נמצא בדרכי הנשימה התחתונות בעוד הדגימה נלקחה ממערכת הנשימה העליונה ששם הימצאותו דלילה, בעקבות כך הנבדקים נבדקים פעמיים לצמצם את האפשרות לתוצאה שלילית שגויה. הזמן מאימות החולים עד ההידרדרות של חלקם למצב בינוני-קשה הוא כ-3 שבועות. תהליך ההחלמה ארוך במיוחד, ונע בין כשבועיים במקרים הקלים ועד שישה שבועות בקשים. דווח שחלק מהמחלימים המשיכו לחוות תסמינים פיזיים כמו חולשה, כאבים ושינויים בחוש הטעם, כמו גם השלכות נפשיות.
השפעות ארוכות טווח של הקורונה – חולים רבים בישראל וברחבי העולם מדווחים על מגוון תסמינים לאחר ההחלמה, הידועים בכינוי “Post-acute COVID-19” או “Long COVID-19”. התסמינים הבולטים ביותר הם עייפות כרונית, כאבי ראש, בעיות במערכת העיכול, נדודי שינה, לחצים בחזה, נימולים בידיים וברגליים ותחושת צימאון. תופעה זאת נלמדת ברחבי העולם במהלך ההתפרצות וישנם חולים שסובלים מתופעות אלה חודשים ארוכים לאחר החלמתם מהנגיף. במחקר שבוצע בארצות הברית על ידי הפקולטה לרפואה של אוניברסיטת אינדיאנה על 1,500 מחלימים מהנגיף עלה כמחצית מהמחלימים מדווחים על תופעות אלה ותופעות נוספות לאורך שבועות עד חודשים.
SARS-CoV-2 (בשמו המלא: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), הוא זן של נגיף RNA חד-גדילי חיובי מתת-משפחת נגיפי קורונה. הנגיף מידבק באדם ועלול לגרום למחלה נשימתית, מחלת נגיף קורונה 2019 (COVID-19). הנגיף, שתועד לראשונה בעיר וואהן שבמחוז חוביי בסין בדצמבר 2019, התפשט במהירות ברחבי העולם וחולל את מגפת הקורונה העולמית. מקרה ההדבקה המאומת הראשון התגלה בווהאן שבסין. המקור להעברת הנגיף לבני אדם אינו ברור. מחקרים למציאת חיית המאגר של זן נגיף הקורונה שגרם להתפרצות הסארס ב-2002, גילו נגיפי קורונה רבים דמויי SARS בעטלפים, רובם בעטלפים מהסוג Rhinolophus הנפוץ באזור סין, ושני רצפים של RNA נגיפי שבודדו מעטלפים מהמין Rhinolophus sinicus היו בעלי קרבה של 80% לנגיף SARS-CoV-2. רצף נוסף שבודד מעטלף ממין Rhinolophus affinis, שנלכד במחוז יונאן שבדרום-מערב סין, היה בעל קרבה של 96% לנגיף SARS-CoV-2‏.[9] ארגון הבריאות העולמי סבור שחיות המאגר הטבעי של הנגיף הם ככל הנראה עטלפים, אך הבדלים בין נגיפי הקורונה של העטלפים[10] לעומת SARS-CoV-2, מצביעים על כך שייתכן שהנגיף עבר לבני אדם בתיווך בעלי חיים מאכסנים אחרים. ניתוח מטאגנומי שהתפרסם ב-2019 מצא שנגיפים מהזן SARS-CoV שגורם לסארס, הוא נגיף הקורונה הנפוץ ביותר בקרב אוכלוסיית הפנגולין המלאי. בראשית פברואר 2020 פורסם שחוקרים מגואנגג’ואו גילו פנגולין שבדגימה שנלקחה ממנו נמצא RNA נגיפי עם דמיון של 99% לרצף של נגיף SARS-CoV-2‏, ולפי פרסום זה אזור ההיקשרות לקולטן שבחלבון S שלו שונה בחומצה אמינית אחת בלבד מאותו אזור בחלבון של הנגיף SARS-CoV-2‏. הפנגולינים, המוגנים בחוק הסיני, נסחרים בשווקים באופן לא חוקי לצורכי רפואה סינית מסורתית. מיקרוביולוגים וגנטיקאים מטקסס מצאו גם הם ראיות לשחלוף שהתרחש בגנום הנגיפי המצביע על מעורבות של הפנגולין. עם זאת הדמיון בין הנגיף שנמצא בפנגולין לנגיף שגרם למגפה הוא של 92% בלבד (רחוק יותר מהגנום הנגיפי שנמצא בעטלף), ואינו מספיק להוכיח שהחיה המתווכת היא פנגולין. לאחר פרוץ מגפת הקורונה, חקר צוות משולב של חוקרים מארצות הברית, מבריטניה ומאוסטרליה את מבנה הנגיף, ופרסם מאמר בכתב העת “Nature Medicine” לפיו הנגיף לא יוצר במעבדה ואינו נגיף מוכר שעבר מניפולציות מכוונות של הנדסה גנטית, אלא נגיף שהתפתח באופן טבעי.
הדבקה וחדירה לתאים – אוכלוסיית המטרה של הנגיף, המפתחת מחלה בעקבות ההידבקות כוללת את האדם, וככל הנראה גם חתולים. הנגיף עובר מאדם לאדם באמצעות נתז נשימתי וכן אירוסולים המרחפים באוויר, המועברים דרך שיעול, התעטשות, הפרשות גוף, נשימה, או מגע. RNA נגיפי נמצא גם בדגימות צואה של אנשים שנדבקו. ייתכן שהנגיף מידבק כבר בתקופת הדגירה, אך השערה זו טרם הוכחה. ניסוי מודלי חלבון מצביע על כך שלחלבון של הזיזים (spikes) של הנגיף יש אפיניות מספקת בכדי להיקשר לקולטני ACE2 (אנ’) שבתאי האדם ולחדור באמצעותם לתא. ב-22 בינואר 2020 הראו קבוצות מחקר שונות מסין ומארצות הברית ש-ACE2 עשוי לתפקד כקולטן לנגיף. קולטן זה משמש נגיפי אלפא-קוביד הגורמים לצינון. לאחרונה התגלה כי גם חלבון בשם Neuropilin-1 (NRP1), רצפטור שנמצא על תאי עצב מהווה נקודת חדירה נוספת לנגיף. בכוחו של ממצא זה להסביר חלק מהתסמינים הנוירולוגים הנלווים למחלה לה גורם הנגיף באדם.
MERS-CoV (שם מלא: Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus; הזן מכונה גם EMC/2012‏[1]) הוא נגיף RNA חד-גדילי חיובי, מתת-משפחת נגיפי קורונה הגורם ל-MERS (תסמונת נשימתית מזרח-תיכונית). על הנגיף דווח לראשונה בספטמבר 2012 ב-ProMED-mail, על ידי הווירולוג המצרי עלי מוחמד זאכי, בג’דה שבערב הסעודית. בשלב מסוים הגדיר ארגון הבריאות העולמי את נגיף MERS-CoV כ”איום מספר 1 על בריאות הציבור” וכן הגדיר אותו בעל סבירות גבוהה להתפשטות למדינות נוספות. שיעור התמותה נחשב גבוה ונע בין 36% ל-40%.
הנגיף משתייך לסוג Betacoronavirus, שושלת C. בגנומים של MERS-CoV מסווגים לשני ענפים: ענף A וענף B. המקרים הראשונים של MERS נגרמו על ידי ענף A‏ (EMC/2012 and Jordan-N3/2012), והמקרים החדשים שונים מבחינה גנטית (ענף B). עד ל-23 במאי 2013 הנגיף כונה לעיתים קרובות SARS-like virus או נגיף קורונה החדש, ולפני כן הוא כונה באופן לא רשמי Saudi SARS (הסארס הסעודי). 182 גנומים של הנגיף רוצפו עד 2015 (94 מאדם ו-88 מגמלים). כל הרצפים ברמת דמיון של מעל 99%.
מקור – המקרה המדווח הראשון התרחש בספטמבר 2012 בערב הסעודית. הווירולוג המצרי עלי מוחמד זאכי בודד את הנגיף מראותיו של גבר. זאכי פרסם את ממצאיו ב-24 בספטמבר 2012 ב-ProMED-mail (אנ’). ניכר אפקט ציטופתי (CPE) בתאים שבודדו, שהתעגלו והפכו לרב-גרעיניים. מקרה שני התגלה בספטמבר 2012, גבר בן 49 המתגורר בקטר עם תסמינים דמויי-שפעת, והרצף הגנטי של הנגיף שבודד ממנו היה כמעט זהה לרצף הנגיף מהמקרה הראשון. בנובמבר 2012 דווח על מקרים דומים בקטר ובערב הסעודית. בעקבות מקרים נוספים ומקרי מוות, החל מחקר אינטנסיבי של הנגיף והמחלה. לא ידוע אם הנגיף עבר פעם אחת בלבד מבעלי החיים לאדם ואחר כך מאדם לאדם, או שהנגיף עבר מבעלי חיים לאדם במספר אזורים גאוגרפיים במקרים שונים.
חיות מאגר – מחקרים ראשוניים הראו על קשר בין הנגיף לעטלף מהמין אשמן מצרי ושייתכן שעטלפים הם חיית המאגר של הנגיף. במחקר שנעשה באוניברסיטת קולומביה נמצא שנגיף שבודד מעטלפים דומה מאוד לנגיף הנמצא בעטלפים. נמצא שנגיפים ממין betacoronavirus שבודדו מעטלפים לילניים בגאנה ומעטלפונים (Pipistrellus) באירופה קשורים פילוגנטית ל-MERS-CoV. אולם חיית המאגר העיקרית שממנה הגיע הנגיף לאדם נותרה בלתי ידועה עד לפרסום דוח ב-9 באוגוסט 2019 שהראה שב-100% מדגימות הסרום של גמלים עומאניים וב-14% מדגימות הסרום של גמלים ספרדיים מכילים נוגדנים כנגד חלבון הזיזים של MERS-CoV.
התפרצויות – ההתפרצות הראשונה של הנגיף, מאז גילויו ב-2012 התמשכה לאורך זמן רב. מספר המקרים הכולל הגיע לכ-894 עם כ-355 מקרי מוות, מקרים רבים אובחנו גם באיחוד האמירויות. כמו כן, נושאי הנגיף אובחנו במדינות נוספות רבות, ביניהן: קטר, ירדן, אנגליה, כווית, תוניסיה, עומאן, צרפת, גרמניה, מלזיה, יוון, איטליה, ספרד, הפיליפינים, קוריאה הדרומית, אלג’יריה וארצות הברית.

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X