טכנולוגיות מתקדמות בשירות הרפואה

סיכום שיעור 11

Sapir

Sapir

פרטי הסיכום

קורס: טכנולוגיות מתקדמות בשירות הרפואה

מספר השיעור: 11

סיכום השיעור

הרצאה 11

איתי התחיל את ההרצאה בסיור ביחידת המכשור שלהם באוניברסיטת בר-אילן. 

קצת על קורונה- 

מאמר של פרופ׳ גדעון שרייבר מכון וייצמן- הקישור פי 600 יותר חזק בוירוס המוטנטי מספייק קיים, האם אנחנו יכולים ליצור חתיכות חלבון ספייק מסונתזות וזה יהיה כתרופה- יחסום לוירוס את נקודת החיבור שלו. המוטציות יכולול להביא לנו את התרופה הטובה ביותר לקורונה- זה מהות המאמר- אנחנו רואים סרטון שמסביר את המאמר ששמו- מוטציות עתידיות בנגיף הקורונה. 

ככל שהקישור יותר חזק- יעילות ההדבקה יותר חזקה ובגלל זה רואים ב-80 אחוז הדבקה יותר מסיבית במוטציה הבריטית. רואים בסרטון את כל הסוגים של המטוציות- דרום אפריקאית, אוסטרלית וכו׳ ורואים שיש מוטציות שחוזרות על עצמן ולרוב הם אזורים שבהם הספייק נוגע בace2. 

הם השתמשו בשמרים, הם גרמו לתאים לבטא את הספייק על גבי הממברנה ומכניסים את חלבון ה-ace2 פנימה. 

נחזור להרצאה ונעשה חזרה על ngs. הרעיון בגדול הוא כזה- יש לנו נקלואטידים, אנחנו בעצם לוקחים פילטרים וכל נקלאטיד שנוסף למערכת מקבלים פלורסנציה. 

עכשיו מדברים על ריצוף עמוק / ngs. אנחנו בעצם מסתכלים או על רנא או על דנא ואיך עושים את זה? אנחנו שוברים את הרנא והופכים לסידנא ואת כל זה חותכים לחתיכות של 150-200 בייספר, ל-150 בסגול מוספיםי אדפטורים או ברקודים (רצף של 18 נקלואטידים לשיות מקור הדגימה). 

הדבר השני זה אדפטור שיקשר למערכת סקיווניג, איך זה עובד? סרטון על אילומינה סיקוויניג ביי סינתסיז. 

הפלוואסל נמצאים שני רצפים- טי 3 וטי 7- חתיכת דנא של 18 בסיסים- סתם רצף שידוע לכולם. 

הרצף שלנו-הוספנו חתיכה הפוכה לרצף של אילומנה שתוכל להיצמד לרצף של אילמונה ועכשיו במערכת של פסרים, הרעיון בסופו של דבר מתחילים להוסיף נקלאוטידים שמסומנים פלורסנטית ואם הוספתי טי למשל קיבלנו אור אדום והוא נקרא בנקודה הזאת. 

איך הריצוף מתבצע בתמונה של ים הנקודות הפלורסנטיות? 

אחרי הכל מסנתזים את הכייון ההפוך של הסידנא- תמונת ראי, כדי לראות שהריצוף היה נכון. 

הבעיה העיקרית שבסוף מקבלים במקרה הטוב 40 מיליון רייד ובמקרה הרע 40 ביליון רייד של 100 בייספר בנובסק ולכן משתמשים בברקודים. בנובסק אפשר להריץ 400 חולים בו זמנית. 

יש לנו את הגנום כרפרנס באפור והצבעונים זה הגנים שנקראו כמה פעמים ולכן אנחנו צריכים מאוד מיליוני ריידס כדי לקבל תוצאה מאוד אמינה שלא יהיה אפשר להתווכח איתה- מי שרוצה לסרוק של טיסל רצפטור או של נוגדנים אז אסור לו לטעות- אזור ויראבלי של נוגדן חייב להיות מדויק אז אני משךמש בקיטים מאוד אמינים שנקראים בשני הצדדים. 

מבחינת הוספת הנקלאוטידים, כל הנקלאוטידים נמצאים ואז לכל נקלאוטיד יש משהו שעוצר את ההתחברות עד אשר יש פלורסנציה ואז יש התנתקות של הריבוע ואז הנקלאוטיד הבא מגיע. 

יש לנו קבוצות של קלסתרים שכל אחד הוא הכפלות של אלפים של אותו חתיכה בשביל לראות אור 

כ-16 סייקלים של הכפלות. 

באיוןטורנט- כל מבחנה ישנקאולטיד, אנחנו מזרימים בכל פעם בנקודוה זמן אחרת נקלאוטיד אחר, מקבלים במקום מיקום, זרם חשמלי. גם כאן שוברים לחתיכות, מסמנים אותו ועושים פסר, זה נקרא הכנת ספרייה- לייברי ורווק פלו. זרם חשמלי כתוצאה מקשרי מים- משתחרר h+. עושים קלון אמפילקשיין שסביב הכדוריות-ביד היו המון רצפים. את הבידיפ משקיעים בתוך הבארית שיש המון רצפים אותו דבר ואז מוסיפים כל פעם נקלאוטיד אחר, אם הבא בתור הוא נקלאוטיד c, אני אקבל הרבה שחרור של היון. 

האיוטורנט מכשיר ריצוף רגיל שעובד כמו האילמונה שבמקום לצלם תמונות פלורסנטיות. אם קישור נגיד של a, יש שיחרור של היון החיובי.

הפאקביו- אפשרות שאני מכניס

רואים סרטון על ngs. 

פאק ביו- הרעיון שהאנזים נמצא צמוד לזכוכית ומקבלים הארה רק ממה שצמוד לזכוכית- כל הבארית היא 100/70 מיקמטר וכל פעם שנכנס נקךאוטיד רואים את זה קצת שונה. 

ננופור- טכנולוגיה שכל פעם שנכנס נקלאוטיד מקבלים סיגנל אחר של הארה. 

כל נקלאוטיד נותן איזשה סגינל אלקטורני. 

ככל שהסיגנל יותר חזק או יותר חלד/ הוא יודע באיזה נקלאוטיד מדובר- רואים שכבות של צבעים : כחול, ירוק, אדום ושחור- כל שכבה מייצגת7 נקלאוטיד. 

עכשיו נכנס לתחום סיגנל סל- עד עכשיו ראינו טכנולוגיות שלא מספיק ספציפיים- רואים ממוצע ריצוף  של גן מסוים, צריך להגיע לרמת התא הבודד ויש הרבה האפילקציות לכך, כשאנחנו מסתכלים על רמת התא הבודד אפשר לקבל הרבה אפלקיתיות שונות אן זה מסנגררנא, עם כמות מאוד נמוכה של נקלאוטידים והנמצב מאוד מסתבך פה. אפשר להסתכלל מסנגר רנא וגנומיקדנא ועד עכשיו ראינו כל מיני שיטות. 

מה אנחנו מקבלים בנוסף שלא קיבלנו עד עכשיו , מה חדש? ניתן לקבל ברמת החלבון- אפשר להדבקי נוגדן שבסוף הנוגדן יש ברקוד- דנא שאם עכשיו נקח את הברקוד הזה ונוציא החוצה ונעשה ספרייה עם אדפטורים, אני יכולה לדעת כמה נוגדנים ישבו על גבי התא הזה. אז יש מערכת של כמה חלבונים יש על כל פני השטח, מה יתרון המשמעותי פה? חוץ מהעניין הכמותי? אין בשום טכנולוגיה אחרת- יש אינסוף חלבונים שניתן לבדוק אותם- בעצם אפשר לעשות אינסוף קומבצינות של הרצף ברקוד הזה שיש בו 30 נקלאוטידים. 

מישהי שאלה לגבי הפרדה של תא בודד ואיך עושים את זה. 

יש סרטון בנושא. מכניסים למערכת מיקרופלאוידיקה שסביב התא יש מדיום שומני. 

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X