טכנולוגיות מתקדמות בשירות הרפואה

סיכום שיעור 12

Sapir

Sapir

פרטי הסיכום

קורס: טכנולוגיות מתקדמות בשירות הרפואה

מספר השיעור: 12

סיכום השיעור

הרצאה 12

נעשה חזרה- התחלנו לדבר על נושא של ריצוף עמוק ברמה של התא הבודד. 

אנחנו הולכים לכיוון ריצו הבדד ברמת. רקמה. 

השלב המקדים עושים אנליזה של הריצוף של ביוטי של רנא ואנחנו רואים שיש הרבה אפשרויות, מסנגר רנא – הרמה הבסיסית ביותר, אבל אפשר לעשות את זה ברמות אחרות של אנלזיה ואפשר לשלב ׳ אנליזות במקביל ואין גבול למה שאפשר לבדוק. 

יש המון סוגים של בדיקת מסגנר רנא ברמת התא הבודד. אנחנו יכולים לבדוק אילו חלבונים התבטאו על גבי התא, איך אני יכולה לבדוק חלבונים כשאני עושה ריצוף של דנא- אנחנו מרצפים חומצות גרעין ואנחנו בודקים חומצות אמינו- ברקוד מיוחד שהוא מתאים לנוגדן, אם אני רוצה לבדוק למשל cd4 יהיה לו ברקוד מיוחד- אני מרצף את הברוקד למשל 30 פעמים. 

בעצם עושים ריצוף לברקוד ואז מגלים את החלבון. 

אני יכול לבדוק מודיפקציות על דנא, למשל קבוצת מתיל שמצטרפת לדנא ואם יש יש אי שלם עם המון קבוצות מתילים על הדנא, אני יכול לעשות אנליזה איפה הם נמצאים- למשל איפה האפיגנטיקה משפיעה על הדנ״א ואפשר לבדוק איך איזורים של מתליםם משפיעים על המסנגר רנא- מרנא אקספרשיין. עכשיו 2 אנלזים ניתן לעשות בצורה מצומדת- בעתם תוצאה דו מימד. 

אפשר להסתכלי על הסיקוויניג גנום- איזה אזורים חשופים. 

כרומטי אססבילטי- האם יש מודיפקציות על היסטונים שמונעים ביוטי של מרנא מסוים, אפשר לראות עד כמה הכרומטיל זמין לי ובאותו תא כמה מרנא מתבטא לי. 

אפשר לראות איך התא מתפתח- למשל תא אב פרימיר שהפך להיות תא המטולויג שהפך לבי ואני יוכלה לבדוק אילו גנים מתבטאים בכל שלב. 

מאמר שמסכם את כל האנלזיות של סינגל סל באדם- איתי ישלח לנו. 

השלב הראשון מקבלים תרבְית תאים, מפיקים רנא וזורקים למכשיר, הבעיה שזה רנא ממוצע- הקריאה של הסיקווניג תראה 5 כי לתא אחד היה 0 ותא אחר 10, אז ירדו למצב ביינים לוקחים תא בודד בתרחיף וכל תא ותא עושים אנלזיה ו-90 אחוז מהריצופים נעשים על מרנא. 

המושלם זה להסתכל על גוש סרטני ולעשות חיתוכים והיסטולוגיה ולהסתכל על כל חתך ולבנות את התמונה. 

עולים שלב במדרגה שעל אותו תא בודד עושים 2 אנלזיות בו זמנית- ביטוי של מרנא באזור מסוים של רקמה ביחד עם סל סרפס פרוטאין באמצעות נוגדנים, מרנא עם מתילציה, מרנא עם חלבונים תוך חלבונים. 

הריצוף הזה של התא הבודד בנוי על עיקרון של מיקרופאולקידה- חלקיק ג׳לטני. 

מכניסים את החלקיק הג׳ל מכיוון אחד מכיוון אחר את התאים ונוצר ערבוב ואז מכניסים שמן מעוד מקום. על חלקיק ג׳לטני/ביד שיש לו ברקוד ייחודי- המון שעריות שאליהם נקשרים מרנא, יש עליו פולי-טי. מבועיוצ שמן ניתן לעשות ספרייה. הבידנהזה מצטרפ לתא שלנו שיוצרים יחד בועיות שהם נמצאים לבד בעולם, אם לוקחים את הביד- יש עליו הרבה שעיריות שהן חתיכות של דנא שבהתחלה להם הם מכילות ברקוד, אותו ברקוד. ברגע שנפוצץ את התא ונשפוך את כל המסנגר רנא החוצה- נגרום לכלולם להיקשר לפולי טי , כי בסוף מרנא יש הרבה פולי a. 

אפשר באמצעות פקס להגיד למכשיר שייתן לנו רק את התאים החיים ואת המתים שיזרוק החוצה, או לחילופין תאים מסוימים. אפשר לבודד את התאים באמצעות מגנט- שמוצמד לנוגדן- לעשות העשרה enrichment לדוגמה. 

יש גם שיטות לעבוד ברמת התא הבודד- שיטה 1 זה הביד שעכשיו דיברנו עליו- דרופ סקווינס ושיטה נוספת- צ׳יפ מסוים עם הבאריות ואני זורק את הדגימה ואני מקווה שיהיה בכל בארית תא בודד. 

מערכת שנייה אינדרופ- כל טיפ הוא ניסוי בפני עצמו. 

שיטה נוספת- סינגל מולקול- לא מגבירים של פסר, אלא יוצרים מערכת- לוקחים דנא פרגמנט ויוצרים ראש סיכה מסוים בכל כיוון 

שיטה הכי נפוצה וחשובה מאוד, יש כמעט בכל האוניברסיטואות בארץ

ריצוף חלבונים על פני התא- אם מסתכלים על חלבון מסוים שהיה מסומן בחומר פלורסנטי, עכשיו ניקח נוגדן שמסומן בברקוד, אם נשווה פלווציטומטרי לאנליזת סייט שהיא האנליזה שרשמתי עכשיו, אז מקבלים תמונה יחסית דומה- כאשר בסייט היתרון שמקבלים לא ממוצע כמו בפלואו אלא פר תא. 

חלבון עם 2 אפיטופים שונים, כל נוגדן מזהה אפיטופ אחר- טכנולוגיות PLA – protein dedtection 

לכל נוגדן רצף שאמור להתאחות עם הרצף של הנוגדן השני ואז יש השלמה של נלקוטוידים מכל כיוון. 

ואז הרצף הזה משתחרר -דאבל הליקס ומתחבר לפריימירים כמו בריצוף עם הזכוכית.

אפשר לעשות קיופסר. 

בשבוע נתחיל בלהתכונן לקראת המבחן. 

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X