טכנולוגיות מתקדמות

סיכום שיעור 11

Tal harry

Tal harry

פרטי הסיכום

קורס: טכנולוגיות מתקדמות

מספר השיעור: 11

סיכום השיעור

סיכום שיעור 11 טכנולוגיות מתקדמות:

ריצוף עמוק NGS- מסתכלים על רנ”א או דנ”א. הרעיון הוא לרצף כל מה שיש לנו.

לוקחים את הרנ”א או הדנ”א והופכים אותו ל- cDNA. שוברים את ה- cDNA למקטעים קצרים של 150BP.

לכל מקטע כזה מחברים רצף ידוע- ברקוד על מנת לזהות מאיזה חולה הוא הגיע. מחברים בעזרת PCR.

מחברים למקטע רצף נוסף, שנקשר לאילומינה. ב – FLOWCELL יש פריימרים מסוג T7 וt3  שהם פריימרים מוכרים עם 18 בסיסים שחוזרים על עצמם.

מתחילים להוסיף נוקליאוטידים מסומנים פלורוסנטית, כל הוספה יש עצירה וקריאה על ידי צילום.

מסנתזים את הגדיל משני הכיוונים. כך שלמשל לכל מקטע יהיו 2 רצפים משלימים מכיוון אחד ומהכיוון השני.

בסוף התהליך מקבלים המון REDS (400-600 מליון) ויש צורך בביואינפורמטיקה ופירוש של התוצאות.

לכל חלק בגן יכולות להיות 20 קריאו שונות, ולא הריצוץ נקרא ריצוף עמוק לתוך הגן. ביחד זה נותן לנו מידע אמין והדיר של הריצוף.

הקריאה עצמה נעשית על ידי צילום ב-  פילטרים שונים שקוראים את ארבעת הנוקליאוטידים הקיימים, בכל איזור מתקבלת הקריאה המתאימה.

 

ION TORENT- יש לנו את הגדיל וכל פעם מכניסים נוקליאוטיד אחד. זה עובד על זרם חשמלי שמשתנה בהתאם להפרשת פרוטון.

את הגדיל עצמו יש צורך להכפיל כדי לקבל צבר שאותו מחברים לביד מסויים.

מה שנקרא זה המתח החשמלי, אין מצלמה. משתמשים בנוקליאוטידים פשוטים ללא מניפולציה. מגיעים ל- מליון REDS.

 

ריצוף ברמת התא הבודד- mRNA-

הכנסה של תא בודד לבועית שמן. מכינים אותם בעזרת צ’יפ מיקרופלואידי. כל בועית היא מבחנה. רוצים לרצף כל תא בודד ולהכניס אותו ל-CLUSTER מסוים. ניתן לראות את היחס הגנים פר תא בודד. מכינים ספריות. ניתן לעשות תהליך מקדים של SORT במכשיר פקס ואחר כך לרצף ברמת התא הבודד. מוציאים את התאים המתים. משתמשים במיקרופלואידיקה, מזרימים שמן למערכת כך שכל טיפה עוטפת תא בודד שמכיל גם ביד עם חומרי הפקה. לכל תא ברקוד שונה. בתוך הבועית התא עובר מייד ליזיס ונחשף ה- mRNA. הריצוף נעשה באילומינה והשלב הסופי הוא עיבוד המידע בביואינפורמטיקה.

DROPSEQ- היא שיטה כזו שלא ריצוץ ברמת התא הבודד של mRNA. כל בועית מכילה 2 ברקודים ו- POLY T

27 פעמים T שייקשר ל- POLY A של ה- mRNA.

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X