טכנולוגיות מתקדמות

סיכום שיעור 11

itaypick

itaypick

פרטי הסיכום

קורס: טכנולוגיות מתקדמות

מספר השיעור: 11

סיכום השיעור

סיכום שיעור מספר 11

סיור ביחידה למכשור מדעי בבר אילן:

מכשירי BIORAD XRF מכשירי RT-PCR משמשים גם לאבחון קורונה, יש גם tape station , יש מכשיר לחיתוך מקטעי DNA לספריות (סוניקטור) covaris .

מכשירי ריצוף nexseq  ו-  miseq ובנוסף יש רובוט להכנת ספריות Hemilton star . כשצריך להכין הרבה ספריות ביום עדיף שהרובוט יעשה זאת ויש פחות טעויות  הנובעות מטעויות אנוש.

יש מכשירי מיקרוטום לחיתוך רקמות , יש מכשירי FACSaria שהוא גם מכשיר sorter. יש מקום שבו מכניסים את הדגימה , אחרי הפלוסל  מטעינים חשמלית את הטיפות ויש שדה חשמלי שמפריד את הטיפות למבחנות שונות. שי את ה FSC וה SSC ובמערכת הובלה של סיבים אופטיים מעבירים את המידע הפלורסנטי.

יש מכשיר imagestream שיודע גם לעשות sorting וגם אנליזה של פלוציטומטריה וגם תמונה של כל תא בנפרד. יש יחידה עם HPLC , מכשיר biofor שמודד אינטראקציות בין חלבונים.

מאמר של גדעון שרייבר ממכון ויצמן על קורונה מראה בפעם הראשונה מה עושה המוטציה של הקורונה בפועל . חושבים על תרופה שתקשר חזק יותר למולקולה ace2 ואז תמנע קישור של הספייקים שעל הוירוס לתאי הגוף.

NGS

לאחר חיתוך הdna או ה RNA מוסיפים לרצף אדפטור וברקוד, האדפטור יודע להיקשר לפלוסל של האילומינה , על הפלוסל של האילומינה יש רצפים הקשורים לזכוכית, הרצף שהכנו בספריה נקשר לרצף הקשור לפלוסל מוסיפים בצורה של סינטזה נוקלאוטידים פלואורסנטים וכשזה נעשה בכל הקלסטר אז מצלמים את זה והמחשב מפענח את הרצף לפי רצף האורות הפלורסנטים שצולמו בוידאו.

לאחר שנוצר הרוורס והפורוורד נחתך הרוורס ומשאיר רק גדיל אחד מחובר בקלסטר כדי שהריצוף יהיה רק לגדיל אחד, בסופו של דבר הריצוף מתבצע לשני הגדילים כי הרוורס מתחבר במקום אחר ועובר שם ריצוף והתוכנה יודעת להשוות בינהם ולתת בסופו של דבר את הרצף פורוורד .

בטכנולוגיה זו אנחנו מדברים על ממוצע הביטוי של הרקמה.

יש מערכות ריצוף שאינם מבוססות על סינטזת DNA וכך נמנעות התקלות התלויות בשכפול DNA , במערכת trueseq חותכים את הdna ומוסיפים את האדפטורים והדוגמאות נקראות במערכות מיוחדות מבוססות הפרשי פוטנציאלים חשמליים ולא במערכות אופטיות הדורשות הגברה כמו ב אילומינה.

ביטוי חלבונים על פני תאים

אפשר לקחת נוגדן ולצמד לו רצף ברקוד גנטי , לאחר סימון הדגימה ושטיפה של הנוגדנים אפשר אח”כ לרצף את זה ב NGS וכך לקבל מידע של כמות החלבונים שעל פני התא בתא אחד ספציפי.

ובנוסף, רפרטואר הנוגדנים הוא לא מוגבל משום שאין תלות בפלורסנציה.

ריצוף תא בודד DROP-SEQ

ניתן ליצור במיקרופלואידיקה ולהפריד תאים בבועיות נפרדות, בכל בועית יש תא אחד והבועית מכילה את הריאגנטים עבור יצירת הספריה ברמה של תא בודד. וכך לכל תא יש ברקוד גנטי נפרד. מרצפים את כל הספריות ולאחר אנליזה ניתן לקבל תמונה של הגנים הרלוונטיים בכל תא בנפרד.

יש אפשרות שהבידים עם הרצפים יכילו פולי T ואז מקבלים את כל ה RNA מסנג’ר שיש בתא הספציפי, כלומר לכל ביד יש ברקוד גנטי נפרד ואז אפשר לקבל את רפרטואר המסנג’ר RNA של כל תא בנפרד.

 

 

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X