טכנולוגיות מתקדמות

סיכום שיעור 10

ליאורה סטודנטסקי

ליאורה סטודנטסקי

פרטי הסיכום

קורס: טכנולוגיות מתקדמות

מספר השיעור: 10

סיכום השיעור

15/02/2021 שיעור 10

PacBIO and Nanopore

שיטת ריצוף בה מעבירים  DNA דרך חלבון צ’אנל מסוים, חלבון מודד איזה נוקלאוטיד עובר בו בכל רגע. כאן אפשר לרצף רצפים ענקיים האורך של מאות kb. כל נוקלאוטיד נותן סיגנאל חשמלי אחר. אבל טכנולוגיה זאת עדיין לא מספיק מדוייקת.

NanoString

מכנסים סמן בו נצמדים 7 קומבינציות. זה שיטה לדטקציה

יתרון – לא משתמש ב-PCR, אין הכנסת טעויות

חסרון – יש הגבלה ל-900 קומבינציות (למשל 200RNA ו700 DNA ) שונות כי אין מספיק קומבינציות של 7 חומרים הפלורסנטיים. פטרו את הבעיה עם הכנסת רצף קצר כסימון נוסף.

טכנולוגיות NGS

Sample preparation

הכנת הספרייה – חותכים את ה-DNA שבאיכות מאוד גבוהה לחתיכות של 150 bp, לכל חתיכה מחברים ברקוד שיתן לזהות את את הדוגמא.

WGS

  1. Fragmentationחיתוך של DNA גנומי או של RNA
  2. הוספת אדפטורים לכל אחד מהקצוות של חתיכות, אדפטורים אח:כ יתחברו לזכוכים עם פריימרים (מאוד חשוב לעשות ולידציה). חייבים לראות שספרייה שיוצאת היא נקייה ובגודל מתאים. ברגע שיש כמות DNA נמוכה עושים אמפליפיקציה לפני הכנת הספרייה. Transposome גם חותך וגם מוסיף אדפטור כל שני שלבים אלה נקראים Tagmentation.

Exome-Seq

חיתוך והדבקת אדפטורים, יש רצפים שמחוברים לביוטין ומכוונים רק לאזורים המקודדים אקסונים ויכולים לנקות אותם מאזורים הלא מקודדים.

RNA-Seq

2% מכל RNA מקודדים לחלבוניםrRNA . ואנחנו רוצים לעבוד רק איתו. זורקים את כל RNA שלא רוצים. מסנטזים cDNA ושמים U במקום T, מוספים טאגים שמתאימים לזכוכית ולחולה.

 

ברגע שרוצים לקבל כם ריצוף וגם כמות של RNA משתמשים ב-mRNA.

Met-Seqמוסיפים אנזים רסטריקציה ביסולפית שמזהה מטילאציה ומחליף T בU.

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X