טכנולוגיות מתקדמות

סיכום שיעור 12

ליאורה סטודנטסקי

ליאורה סטודנטסקי

פרטי הסיכום

קורס: טכנולוגיות מתקדמות

מספר השיעור: 12

סיכום השיעור

1/3/2021 שיעור 12

Single-cell RNA seq

בשיטה זאת יכולים להסתכל על:

  1. mRNA seq
  2. DNA methylation
  3. Genome SEQ
  4. Histone modifications
  5. Intracellular proteins
  6. וכו

 

Drop-Seq

הורסים את הרקמה, מוצאים תאים מתים ואת התאים שלא מעניינים אותנו.(למשלל בעזרת צביעת PI יכולים לצבוע את התאים המתים ולהוצאי אותם בשיטת FACS). לוקחים את התאים שרוצים ומכינים את ספרייה ע”י כך שמזרימים תאים אחד-אחד, מצד שני מזרימים חרוזית(barcode primer bead)  עם הרבה זנבות של polyT  שיתחברו אח”כ עם polyA של mRNA. לכל זנב של חרוזית קשור אותו ברקוד ששונה בין חרוזיות. חרוזית נקשרת לכל  תא בודד שנמצא בסביבה מימית ואז מזרימים שמן ומקבלים בועית בה תא בודד מסומן. ואז יכולים לרצף ולהבין לאיזה תא שייכות התוצאות.

יש שיטות נוספות לעושות אותו דבר רק בדרך קצט אחרת: InDrop, Smart-seq

10xGenomic

שיטה הכי חשובה בטכנולוגיית תא הבודד

 

ריצוף החלבונים על פני התא – Cell surface proteins

שיטה לעשות אנליזה לביטוי של mRNA יחד עם ביטוי חלבונים. בתחילת התהליך נוגדנים עם רצף מסוים נקשרים לחלבונים על פני התא ואח”כ תהליך רגיל של קישור החרוזית עם רצפים וברקודים.

 

 

עריכת הסיכום

iw עִבְרִית
X